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该篇日报由R·base创作生成，人工审核校对。 Gut：26万人基因组分析，维生素B1代谢调控排便频率 Gut——[25.8] ① 背景与设计：为发现肠道运动性的可干预通路，本研究对268,606名欧亚个体的排便频率（SF）进行多血统GWAS荟萃分析，并结合精细定位、孟德尔随机化（MR）及药物特征分析。② 核心发现与意义：研究揭示了维生素B1（硫胺素）代谢等可干预通路调控肠道运动，为肠易激综合征（IBS）等疾病的机制解析与靶向干预提供了新依据。③ 遗传基础与相关性：SF具有部分遗传性，与IBS、精神及心血管性状存在显著遗传相关性；MR分析提示SF对IBS具有因果效应。④ 精细定位与通路：精细定位识别出维生素B1代谢关键基因SLC35F3（硫胺素转运蛋白）和XPR1（磷酸盐输出蛋白），以及涉及胆汁酸合成（KLB）和胆碱能信号（COLQ）的新基因座。⑤ 维生素B1交互作用：在英国生物样本库（UK Biobank）中，膳食硫胺素摄入与SF正相关，且此关联受SLC35F3/XPR1基因型评分的显著调节。⑥ 药物靶点预测：药物特征分析预测钙通道阻滞剂等心血管药物可能影响肠道运动，提示了新的治疗探索方向。 【原文信息】 Genetic dissection of stool frequency implicates vitamin B1 metabolism and other actionable pathways in the modulation of gut motility 2026-01-19 , doi: 10.1136/gutjnl-2025-337059 {jz:field.toptypename/}上海交大贾伟等Cell子刊：菌群-代谢组互作，揭示抑郁症新机制和诊断模型 Cell Reports Medicine——[10.6] ① 研究背景与设计：为探究首发抑郁症的肠道微生物-代谢物紊乱及其诊断潜力，本研究对患者及匹配对照进行多组学分析，并利用独立队列及小鼠抑郁模型验证。② 核心发现与意义：揭示了首发抑郁症特定的肠道微生态与血清代谢特征，证实代谢物是菌群影响抑郁的关键中介，并构建了基于血清代谢指纹的高精度诊断模型。③ 菌群与代谢物特征：宏基因组与代谢组学分析鉴定出53种差异肠道菌种（如长双歧杆菌）、12条相关代谢通路及34种差异血清代谢物（如5-羟色胺、高香草酸），其中16种在抗抑郁药物治疗后发生逆转。④ 中介网络关联：中介分析揭示了61个由代谢物介导的菌种-抑郁症关联，例如L-酪氨酸完全介导了Romboutsia timonensis与抑郁症的相关性。⑤ 诊断模型与验证：基于34种差异代谢物构建的机器学习模型能显著区分抑郁症与对照，其诊断性能在独立验证集中得到确认（AUC=0.80）；小鼠模型再现了关键的菌群与代谢物变化。 【原文信息】 Microbiota-metabolome interplay in depression: Metabolic insights and diagnostic potential 2026-01-20 , doi: 10.1016/j.xcrm.2025.102574 肠菌胆汁酸代谢物如何缓解急性肺损伤？ Signal Transduction and Targeted Therapy——[52.7] ① 背景与设计：探究微生物胆汁酸对远端肺免疫的调控，通过体外筛选与小鼠急性肺损伤模型鉴定。② 核心发现与意义：异石胆酸（isoLCA）通过肺泡巨噬细胞的鞘氨醇-1-磷酸受体 2 (S1PR2) 驱动代谢重编程抑制肺部炎症，将胆汁酸免疫调节范围拓展至肺脏。③ 靶细胞与体内效应：isoLCA 在体外显著抑制肺泡巨噬细胞产生 CXCL10；鼻内给药减少小鼠肺损伤模型的中性粒细胞流入与炎症。④ 代谢重编程机制：单细胞测序显示 isoLCA 上调肺泡巨噬细胞的三羧酸 (TCA) 循环基因；其抗炎作用依赖于功能性 TCA 循环。⑤ 受体验证：S1PR2 在人类巨噬细胞中高表达；其拮抗剂 JTE-013 阻断了 isoLCA 介导的 CXCL10 抑制、乳酸生成减少及线粒体功能改善。⑥ 免疫调节广度：在感染模型中，isoLCA 还减少纵隔淋巴结 CD4+ T/B 细胞及血浆 IgG1，提示其对适应性免疫的调节。 【原文信息】 A microbiota-dependent bile acid reprograms alveolar macrophages to control lung inflammation 2026-01-17 , doi: 10.1038/s41392-025-02552-w 生命早期菌群如何塑造脑髓鞘网络？ Advanced Science——[14.1] ① 背景与设计：探究早期肠道菌群对中枢神经系统髓鞘形成的影响，采用跨物种策略分析无菌与常规饲养小鼠（多发育时间点）和斑马鱼幼虫的神经发育。② 总体概述：菌群缺失以性别和年龄依赖的方式，广泛影响发育期大脑的转录组、代谢组、髓鞘结构及小胶质细胞功能，且此调控在脊椎动物中保守。③ 组学特征：前额叶皮层转录组与代谢组分析显示，无菌雄性小鼠髓鞘形成、神经元活性相关基因及谷氨酸/GABA代谢通路显著改变，且二者变化相关。④ 髓鞘结构：雄性无菌小鼠在P21时成熟髓鞘标志物CNPase增加，髓鞘板层数和厚度轻微增加；无菌斑马鱼幼虫亦表现出髓鞘增厚及g-ratio降低。⑤ 小胶质细胞：无菌状态影响小胶质细胞稳态基因表达、激活状态及脑内定位，雄性小鼠在发育早期（P8）受影响更显著，斑马鱼中其与少突胶质细胞的接触减少。 【原文信息】 The Microbiota Shapes Central Nervous System Myelination in Early Life 2026-01-18 , doi: 10.1002/advs.202515671 吉大付云贺等Cell子刊：肠菌代谢物GABA诱导乳腺sIgA，缓解乳腺炎 Cell Reports——[6.9] ① 研究背景与设计：为阐明肠道菌群失调加剧乳腺炎的机制，本研究利用万古霉素诱导肠道菌群失调并感染金黄色葡萄球菌的小鼠乳腺炎模型，探究菌群通过分泌型免疫球蛋白A（sIgA）的调控作用。② 核心发现与意义：肠道共生菌M. intestinale衍生的γ-氨基丁酸（GABA）通过激活mTOR通路，驱动巨噬细胞M2极化并促进B细胞分化产生sIgA，从而缓解乳腺炎，揭示了肠-乳腺轴免疫调控新靶点。③ 菌群失调表型：万古霉素诱导的肠道菌群失调导致乳汁sIgA及乳腺、肠道、派尔集合淋巴结中IgA+ B细胞显著减少，加剧乳腺炎，而粪菌移植（FMT）可逆转上述表型。④ 关键菌株与代谢物：16S rRNA测序与非靶向代谢组学分析显示，菌群失调特异性伴随M. intestinale丰度及GABA水平下降，二者均与sIgA水平正相关。⑤ 功能验证：补充M. intestinale或GABA可恢复sIgA及IgA+ B细胞，并缓解乳腺炎。⑥ 机制上游：M. intestinale含有NADP特异性谷氨酸脱氢酶（NADP-GDH）基因，其产生的谷氨酸促进其他肠道细菌生成GABA。⑦ 机制下游：GABA通过激活mTOR通路促进巨噬细胞M2极化，进而驱动B细胞分化产生sIgA；mTOR抑制剂雷帕霉素可阻断此保护效应。 【原文信息】 Gut microbiota induces mammary gland sIgA production to alleviate S. aureus mastitis 2026-01-06 , doi: 10.1016/j.celrep.2025.116782 迄今最全犬肠道微生物组图谱问世，揭示89个新物种与代谢功能 Microbiome——[12.7] ① 资源构建与设计：针对犬肠道微生物组参考资源匮乏，本研究结合长/短读长测序与宏基因组组装，对107只犬的501份粪便样本进行分析，构建全面的分类与功能目录。② 资源概览与意义：此工作构建了最全面的犬肠道微生物组资源，极大地提升了宏基因组解析度，为理解犬类特异性代谢与健康机制提供了关键基础。③ 核心物种与新分类单元发现：重建出1031个菌株，涵盖240个核心物种，包含89个候选新物种、10个新属及>900个犬特异性新菌株。④ 资源验证与高代表性：在独立验证数据集中，这些核心物种平均占物种水平映射读长的95%，新物种占32.6%，映射率显著优于使用公共数据库的历史水平。⑤ 关键代谢功能解析：功能注释揭示犬肠道微生物组富含碳水化合物活性酶，且在多种物种中广泛存在丁酸盐生产潜力；新发现的Peptacetobacter物种可能参与次级胆汁酸转化。⑥ 安全性评估：所有新发现物种均未检出已知毒力基因，提示其为共生菌；同时建立了健康宠物微生物组中抗菌素耐药性（AMR）基因的基线图谱。 【原文信息】 Waltham catalogue for the canine gut microbiome: a complete taxonomic and functional catalogue of the canine gut microbiome through novel metagenomic based genome discovery 2026-01-17 , doi: 10.1186/s40168-025-02265-w 鼻腔菌群的9个类型 Microbiome——[12.7] ① 研究背景与设计：为解析成人鼻腔微生物组动态，本研究整合了1608名成人的横断面数据及149名个体8-22个月的纵向样本进行16S rRNA测序分析。② 核心发现与意义：鼻腔微生物组由九个稳定性各异的群落状态类型（CST）构成，其动态受细菌内在定植稳定性驱动并显著受宿主性别影响，为微生物组干预提供了生态学框架。③ 群落构成与稳定性：定义了九个CST，以痤疮丙酸杆菌或柯利棒杆菌主导的CST最为稳定；核心共生菌（如表皮葡萄球菌）定植时间显著长于机会性病原体（如金黄色葡萄球菌）。④ 宿主性别的影响：男性鼻腔细菌密度显著高于女性，且更易携带金黄色葡萄球菌主导的CST；女性则更常见痤疮丙酸杆菌或惰性多尔菌主导的CST。⑤ 年龄相关变化：年龄增长与金黄色葡萄球菌CST频率下降、肠杆菌目CST频率上升相关。⑥ 关键生态互作：惰性多尔菌与假白喉/丙酸棒杆菌呈强正相关，且两者均与金黄色葡萄球菌负相关，提示协同拮抗作用。⑦ 动态驱动框架：细菌定植时间是其流行率的主要决定因素，进而驱动CST频率，构成了解释微生物组稳定性的“定植时间-流行率-群落”轴。 【原文信息】 Composition and dynamics of the adult nasal microbiome 2026-01-13 , doi: 10.1186/s40168-025-02250-3 谢梦团队Cell子刊：高纤转高脂饮食，为何体重反弹更严重？ Cell Reports——[6.9] ① 背景与设计：为解析先期高纤维饮食（HfiD）对后续高脂饮食（HFD）组织反应的影响，本研究对C57BL/6J小鼠实施HfiD-HFD切换，并利用单核/空间转录组学系统分析肠系膜脂肪（mWAT）与肠道。② 总体概述：HfiD预喂养持久重编程脂肪与肠道对HFD的细胞反应，涉及脂肪敏感性增强、肠道免疫抑制及表观遗传记忆，存在性别差异，为饮食干预后体重反弹提供机制见解。③ 脂肪组织重塑：snRNA-seq显示HfiD使mWAT脂肪细胞与祖细胞（ASPCs）处于分解代谢状态，并在HFD后更快向应激脂肪转运脂肪细胞（SLTA）和脂肪前体细胞转变，伴随脂肪量增加。④ 肠道细胞反应：空间转录组学表明，HfiD预喂养在HFD下限制了十二指肠免疫相关肠上皮细胞扩张，并逆转了结肠的肠上皮细胞向杯状细胞转变。⑤ 表观遗传与性别差异：HfiD诱导的十二指肠染色质可及性改变在HFD后部分持续，脂肪与祖细胞群体重塑存在明显性别二态性。 【原文信息】 Prior high fiber intake impinges on the cellular responses of mesenteric adipose and intestinal tissues to subsequent high fat feeding 2026-01-11 , doi: 10.1016/j.celrep.2025.116801 NC：无需体重变化，高碳水低脂饮食即可引发不利代谢改变 Nature Communications——[15.7] ① 研究设计与背景：本研究通过一项5个月随机对照喂养试验，利用非靶向代谢组学分析了不同碳水化合物-脂肪比例（CFR）饮食对147名超重/肥胖成人空腹血浆代谢物的影响。② 核心发现与意义：饮食CFR可独立于体重引起广泛且可重复的代谢组改变，其中多种脂质变化方向与2型糖尿病风险相关，提示了饮食影响长期健康的潜在代谢途径。③ 代谢物变化谱：较高CFR饮食显著伴随甘油三酯、溶血磷脂酰胆碱水平升高，以及磷脂酰胆碱缩醛/缩醛磷脂、鞘磷脂、氨基酸等水平降低。④ 验证与动态：上述关联在独立喂养试验中得到验证；多数代谢物变化在干预早期即出现并持续。⑤ 与疾病风险关联：较高CFR饮食下升高的甘油三酯（尤其是低不饱和度种类）亦与更高的2型糖尿病风险显著相关；部分脂质代谢物介导了饮食对低密度脂蛋白胆固醇等心血管代谢标志物的影响。 【原文信息】 Weight-independent effects of dietary carbohydrate-to-fat ratio on metabolomic profiles: secondary outcomes of a 5-month randomized controlled feeding trial 2026-01-17 , doi: 10.1038/s41467-026-68353-z Nature子刊：通用型新抗原疫苗激发林奇综合征抗癌免疫  Nature Medicine——[50] ① 试验设计与背景：为评估新抗原疫苗用于林奇综合征（LS）癌症预防，此项I b/II期单臂试验在45名健康LS携带者中测试了编码209个共享移码肽（FSP）的Nous-209（GAd/MVA异源初免-加强）。② 核心发现与意义：Nous-209安全且在所有可评估参与者中诱导了强大、广泛且持久的FSP特异性T细胞免疫，其靶向的抗原在独立LS癌前病变和癌症数据集中存在，为癌症免疫拦截提供了概念验证。③ 安全性及免疫原性：疫苗接种安全，无治疗相关严重不良事件；100%（37/37）参与者在峰值期产生FSP特异性干扰素-γ（IFNγ）T细胞反应，反应广泛且85%在1年后仍可检测，同时诱导了CD8+和CD4+ T细胞。④ 抗原特异性与体外功能：通过HLA结合预测鉴定了115个免疫原性FSP，其中82%存在于独立LS结直肠癌前病变和癌症数据集中；疫苗诱导的CD8+ T细胞呈现终末分化效应记忆（TemRA）表型，并在体外模型中显示出抗原特异性细胞毒活性。⑤ 临床探索性信号：终期结肠镜检查（n=43）未发现进展性腺瘤或结直肠癌；探索性分析显示，6个月时免疫反应广度与腺瘤检测呈负相关。 【原文信息】 Nous-209 neoantigen vaccine for cancer prevention in Lynch syndrome carriers: a phase 1b/2 trial 2026-01-16 , doi: 10.1038/s41591-025-04182-9
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